La Fondazione ha lo scopo di aiutare e sviluppare lavori di ricerca in corso. Qualsiasi finanziamento che la Fondazione riscuote verrà  destinato a programmi di ricerca promettenti, nonché allo sviluppo ed al follow-up delle ricerche in corso.

La fondazione può prendere contatto con qualsiasi persona, qualsiasi fondazione svizzera o straniera, qualsiasi organizzazione, impresa o istituzione per permetterle di realizzare il proprio scopo. Avrà  altresì la possibilità  di nominare i propri sponsor.

E stata presentata una domanda di esenzione fiscale affinché la fondazione venga riconosciuta di pubblica utilità . Le donazioni versate alla fondazione sono pertanto deducibili per il donatore. Del resto, per il suo scopo, la fondazione verrà  sottoposta alla sorveglianza del dipartimento federale dell'interno.

La Loterie Romande ha finanziato il sito Internet www.fondation-sanfilippo.ch. La fondazione è finanziata per mezzo di donazioni private, donazioni di imprese, nonché fondazioni caritatevoli.